1. 办公室
负责自治区妇联机关的内外协调、政务服务、会务管理工作；组织开展有关妇女儿童发展理论、政策的研究及协调综合性调研活动；起草全会综合性文稿及重要文件；承办文电处理、秘书、档案、年鉴、史志、机要、保密、统计等工作；负责机关综合治理、财务预算管理和执行、固定资产管理及基本建设等工作；指导监督直属单位财务管理工作；承担机关电子政务与信息化建设及管理工作。
2.组织联络部（机关党委）
负责机关干部和直属单位领导干部的管理；负责机构、编制、职称、工资、出国政审、人事档案等工作；协助管理各地（州、市）妇联领导干部的有关工作；配合有关部门做好培养选拔女干部工作；协调妇联系统干部教育培训规划的制定和组织实施；负责妇联组织建设，联系社会各界妇女组织；负责国内外妇女的联谊工作；负责基层组织建设、干部人事等相关工作的调研及政策研究；负责机关和直属单位党建、精神文明建设工作；负责机关和直属单位的纪检监察工作；负责机关工会、共青团、妇委会工作。
3.宣传部
宣传党的路线、方针、政策，宣传马克思主义妇女观和男女平等的思想，宣传妇女和妇联工作，开展有特色的妇女思想道德教育活动及意识形态领域妇女群众思想教育引领工作，推进妇联宣传阵地建设；建立新闻发布机制；开展网络新媒体及宣传相关工作的调研和政策研究，指导创新妇联网络和新媒体工作，加强网络和新媒体的舆论引导和网上舆论安全工作；开展三八红旗手（集体）评选表彰，宣传优秀女性典型；弘扬“四自”精神，推动妇女群众性精神文明建设，协调巾帼志愿服务工作。
4.妇女发展部
动员和组织妇女参与经济建设和社会发展；指导各级妇联组织开展科技培训和职业技能培训，帮助妇女提高综合素质和生产技能；动员和组织妇女参与脱贫攻坚、一带一路和生态环境建设，通过争取政策、协调资源、提供服务、搭建平台等方式，帮助妇女增收致富，促进妇女广泛平等就业创业，协调社会力量为妇女发展提供服务；组织参与国内外各类商贸展洽活动；开展妇女参与经济建设和社会发展等方面的调研及政策研究；组织并指导各级妇联开展“巾帼建功”表彰活动。
5. 权益部
负责代表自治区妇联参与自治区法律、法规和公共政策的制定、修改和执法检查，推动完善保障妇女儿童的法律体系；负责开展维护妇女儿童合法权益的相关调研及政策研究；协调推动自治区相关部门依法维护妇女儿童合法权益；参与并负责指导妇联系统社会治安综合治理（平安建设）工作；面向广大妇女和社会各界开展法制宣传教育工作；负责处理日常群众来信来访，受理妇女诉求，对严重损害妇女儿童合法权益的重大典型案件进行专项调查，为受害妇女提供法律援助和维权服务，对重点难点问题开展调查研究，提出对策建议；指导推动各级妇联依法维护妇女儿童权益工作。
6.家庭和儿童工作部
牵头协调全区家庭文明建设工作，弘扬家庭美德，培养良好家风，开展自治区“五好家庭”表彰活动及寻找“最美家庭”活动；牵头协调全区家庭教育工作，开展家庭教育研究、指导和宣传实践活动，关注女童平等发展，指导和推进妇联系统儿童宣传和活动阵地建设工作；组织开展有益儿童身心健康发展的社会活动；负责开展家庭教育调研及政策研究工作，协调制定实施自治区家庭教育工作规划；参与制定有关保护儿童的法律、法规；实施各类儿童公益项目；协调、推动全社会为儿童的健康成长创造良好的社会环境。
7.妇女儿童工作委员会办公室
编制新疆维吾尔自治区妇女和儿童发展纲要并组织开展实施和监测评估；组织、协调、督促和推动各成员单位做好妇女儿童权益保障工作；开展妇女儿童发展等调查研究，为自治区党委、政府以及委员会、有关部门决策妇女儿童发展中的重大问题提供依据；做好政协提案，人大议案办理工作；承办自治区妇女儿童工作会议、自治区妇女儿童工作委员会全委会、专题会和经验交流与表彰工作；指导各级妇女儿童工作委员会及办公室的工作；负责委员会的日常行政事务，编发各类文件，并完成自治区妇女儿童工作委员会交办的其他工作；执行国际国内涉及妇女、儿童生存发展的合作项目。
8.老干处
负责自治区妇联机关离退休干部的管理、服务及直属单位老干部工作的监督指导。积极协调承办自治区党委老干部局、自治区老龄委和自治区妇联交办的有关离退休干部工作的各项事宜。
9.机关服务中心（不分类事业单位）
做好机关后勤工作，保障机关正常运行；提供机关各种会议、干部职工生活等服务；负责文印、计划生育、生产安全、爱国卫生、人民防空、绿化、节能、交通安全等工作；负责协助办公室做好固定资产管理工作；负责协调机关办公楼内的水、电、暖正常运行及维修工作；负责机关值班备勤、车辆管理、使用、调派、维修、年检等工作。
10.新疆妇女干部学校（公益一类事业单位）
承担全区妇联系统干部及其他妇委会各族女干部的培训任务；面向全区妇女，开展各类职业技能培训等工作。
11.新疆维吾尔自治区儿童发展中心（公益一类事业单位）
根据儿童学习、成长的特点和需求，开展灵活多样的校外教育培训活动，开展科学育儿知识的宣传培训工作；争取国内外资金，积极开展儿童发展合作项目等。
12.新疆维吾尔自治区妇女儿童公益项目管理中心（公益一类事业单位）
按照有关规定，承担自治区妇女儿童公益项目的管理工作。
13.新疆妇女杂志社（公益二类事业单位）
编辑、出版、发行《新疆妇女》（维文）和《伴侣》（汉文）杂志。
